Abstract
bcr1 er et ~155 bp repetert element funnet i B. cereus-gruppen av bakterier som viser tydelige tegn på mobilitet. Det har blitt foreslått flere mulige mekanismer for hvordan bcr1 kan tenkes å påvirke genekspresjon av nærliggende gener, deriblant promoteraktivitet, terminering av transkripter og stabilisering av mRNA. Mobile repeterte elementer som NEMIS, funnet i Neisseria-slekten, og ERIC, funnet i Enterobactericaea, er foreslått å kunne regulere uttrykk av gener på RNA-nivå. Alle disse elementene danner stabile sekundærstrukturer med hårnålformer ved kotranskripsjon med nærliggende gener. bcr1-RNA er in silico predikert å danne stabile sekundærstrukturer med et dobbel-hårnållignende mønster.
Det ble i denne studien undersøkt ved revers transkriptase-PCR om bcr1 kunne kotranskriberes med nabogen i B. cereus-gruppen av bakterier. Det ble i tillegg benyttet cRT-PCR og primer extension for å bestemme nøyaktig transkripsjonsstart for gener med bcr1 lokalisert oppstrøms.
Transkripsjonsstart for BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987 og for det ortologe genet BC1308 i B. cereus ATCC 14579, ble ved cRT-PCR og primer extension beregnet til å være i samme lokasjon, henholdsvis 195 og 45 nukleotider oppstrøms for translasjonsstart. Forskjellen på 150 nukleotider er forårsaket av at bcr1_22R er lokalisert oppstrøms for BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987. Sekvenseringsprodukter fra cRT-PCR ga preliminær informasjon om mulige degraderingsmønstre for mRNA med bcr1 i 5 -ende. Det ble videre vist at bcr1_22R kotranskriberes i sin helhet med, og utgjør 5 -ende av mRNA-transkriptet av BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987. Dette er første gang et bcr1-element er konklusivt vist å i sin helhet kunne være til stede i 5 -UTR av et mRNA i B. cereus-gruppen, og viser at de to ortologe genene BCE_1421 og BC1308 har ulik 5 -UTR for sine respektive transkripter (+/-bcr1) i henholdsvis B. cereus ATCC 10987 og B. cereus ATCC 14579. Resultatene fra denne oppgaven utgjør et godt grunnlag for videre undersøkelser av en eventuell effekt av bcr1_22R på mRNA-stabilitet for nedstrøms gen i de to stammene.