dc.date.accessioned | 2013-03-12T08:54:57Z | |
dc.date.available | 2015-05-18T22:30:11Z | |
dc.date.issued | 2009 | en_US |
dc.date.submitted | 2009-05-15 | en_US |
dc.identifier.citation | Bakka, Eirik Rødseth. Transkripsjonsanalyser av det repeterte elementet bcr1 i Bacillus cereus ATCC 10987 og Bacillus cereus ATCC 14579. Masteroppgave, University of Oslo, 2009 | en_US |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10852/12293 | |
dc.description.abstract | bcr1 er et ~155 bp repetert element funnet i B. cereus-gruppen av bakterier som viser tydelige tegn på mobilitet. Det har blitt foreslått flere mulige mekanismer for hvordan bcr1 kan tenkes å påvirke genekspresjon av nærliggende gener, deriblant promoteraktivitet, terminering av transkripter og stabilisering av mRNA. Mobile repeterte elementer som NEMIS, funnet i Neisseria-slekten, og ERIC, funnet i Enterobactericaea, er foreslått å kunne regulere uttrykk av gener på RNA-nivå. Alle disse elementene danner stabile sekundærstrukturer med hårnålformer ved kotranskripsjon med nærliggende gener. bcr1-RNA er in silico predikert å danne stabile sekundærstrukturer med et dobbel-hårnållignende mønster.
Det ble i denne studien undersøkt ved revers transkriptase-PCR om bcr1 kunne kotranskriberes med nabogen i B. cereus-gruppen av bakterier. Det ble i tillegg benyttet cRT-PCR og primer extension for å bestemme nøyaktig transkripsjonsstart for gener med bcr1 lokalisert oppstrøms.
Transkripsjonsstart for BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987 og for det ortologe genet BC1308 i B. cereus ATCC 14579, ble ved cRT-PCR og primer extension beregnet til å være i samme lokasjon, henholdsvis 195 og 45 nukleotider oppstrøms for translasjonsstart. Forskjellen på 150 nukleotider er forårsaket av at bcr1_22R er lokalisert oppstrøms for BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987. Sekvenseringsprodukter fra cRT-PCR ga preliminær informasjon om mulige degraderingsmønstre for mRNA med bcr1 i 5 -ende. Det ble videre vist at bcr1_22R kotranskriberes i sin helhet med, og utgjør 5 -ende av mRNA-transkriptet av BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987. Dette er første gang et bcr1-element er konklusivt vist å i sin helhet kunne være til stede i 5 -UTR av et mRNA i B. cereus-gruppen, og viser at de to ortologe genene BCE_1421 og BC1308 har ulik 5 -UTR for sine respektive transkripter (+/-bcr1) i henholdsvis B. cereus ATCC 10987 og B. cereus ATCC 14579. Resultatene fra denne oppgaven utgjør et godt grunnlag for videre undersøkelser av en eventuell effekt av bcr1_22R på mRNA-stabilitet for nedstrøms gen i de to stammene. | nor |
dc.language.iso | nob | en_US |
dc.subject | Bacillus cereus bcr1 mobilt repetert element | en_US |
dc.title | Transkripsjonsanalyser av det repeterte elementet bcr1 i Bacillus cereus ATCC 10987 og Bacillus cereus ATCC 14579 | en_US |
dc.type | Master thesis | en_US |
dc.date.updated | 2010-05-25 | en_US |
dc.creator.author | Bakka, Eirik Rødseth | en_US |
dc.subject.nsi | VDP::568 | en_US |
dc.identifier.bibliographiccitation | info:ofi/fmt:kev:mtx:ctx&ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:dissertation&rft.au=Bakka, Eirik Rødseth&rft.title=Transkripsjonsanalyser av det repeterte elementet bcr1 i Bacillus cereus ATCC 10987 og Bacillus cereus ATCC 14579&rft.inst=University of Oslo&rft.date=2009&rft.degree=Masteroppgave | en_US |
dc.identifier.urn | URN:NBN:no-24702 | en_US |
dc.type.document | Masteroppgave | en_US |
dc.identifier.duo | 91879 | en_US |
dc.contributor.supervisor | Økstad, Ole Andreas L. | en_US |
dc.identifier.bibsys | 092764606 | en_US |
dc.identifier.fulltext | Fulltext https://www.duo.uio.no/bitstream/handle/10852/12293/1/Bakka_Eirik_Roedseth_master.pdf | |