Hide metadata

dc.date.accessioned2013-03-12T08:54:57Z
dc.date.available2015-05-18T22:30:11Z
dc.date.issued2009en_US
dc.date.submitted2009-05-15en_US
dc.identifier.citationBakka, Eirik Rødseth. Transkripsjonsanalyser av det repeterte elementet bcr1 i Bacillus cereus ATCC 10987 og Bacillus cereus ATCC 14579. Masteroppgave, University of Oslo, 2009en_US
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10852/12293
dc.description.abstractbcr1 er et ~155 bp repetert element funnet i B. cereus-gruppen av bakterier som viser tydelige tegn på mobilitet. Det har blitt foreslått flere mulige mekanismer for hvordan bcr1 kan tenkes å påvirke genekspresjon av nærliggende gener, deriblant promoteraktivitet, terminering av transkripter og stabilisering av mRNA. Mobile repeterte elementer som NEMIS, funnet i Neisseria-slekten, og ERIC, funnet i Enterobactericaea, er foreslått å kunne regulere uttrykk av gener på RNA-nivå. Alle disse elementene danner stabile sekundærstrukturer med hårnålformer ved kotranskripsjon med nærliggende gener. bcr1-RNA er in silico predikert å danne stabile sekundærstrukturer med et dobbel-hårnållignende mønster. Det ble i denne studien undersøkt ved revers transkriptase-PCR om bcr1 kunne kotranskriberes med nabogen i B. cereus-gruppen av bakterier. Det ble i tillegg benyttet cRT-PCR og primer extension for å bestemme nøyaktig transkripsjonsstart for gener med bcr1 lokalisert oppstrøms. Transkripsjonsstart for BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987 og for det ortologe genet BC1308 i B. cereus ATCC 14579, ble ved cRT-PCR og primer extension beregnet til å være i samme lokasjon, henholdsvis 195 og 45 nukleotider oppstrøms for translasjonsstart. Forskjellen på 150 nukleotider er forårsaket av at bcr1_22R er lokalisert oppstrøms for BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987. Sekvenseringsprodukter fra cRT-PCR ga preliminær informasjon om mulige degraderingsmønstre for mRNA med bcr1 i 5 -ende. Det ble videre vist at bcr1_22R kotranskriberes i sin helhet med, og utgjør 5 -ende av mRNA-transkriptet av BCE_1421 i B. cereus ATCC 10987. Dette er første gang et bcr1-element er konklusivt vist å i sin helhet kunne være til stede i 5 -UTR av et mRNA i B. cereus-gruppen, og viser at de to ortologe genene BCE_1421 og BC1308 har ulik 5 -UTR for sine respektive transkripter (+/-bcr1) i henholdsvis B. cereus ATCC 10987 og B. cereus ATCC 14579. Resultatene fra denne oppgaven utgjør et godt grunnlag for videre undersøkelser av en eventuell effekt av bcr1_22R på mRNA-stabilitet for nedstrøms gen i de to stammene.nor
dc.language.isonoben_US
dc.subjectBacillus cereus bcr1 mobilt repetert elementen_US
dc.titleTranskripsjonsanalyser av det repeterte elementet bcr1 i Bacillus cereus ATCC 10987 og Bacillus cereus ATCC 14579en_US
dc.typeMaster thesisen_US
dc.date.updated2010-05-25en_US
dc.creator.authorBakka, Eirik Rødsethen_US
dc.subject.nsiVDP::568en_US
dc.identifier.bibliographiccitationinfo:ofi/fmt:kev:mtx:ctx&ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:dissertation&rft.au=Bakka, Eirik Rødseth&rft.title=Transkripsjonsanalyser av det repeterte elementet bcr1 i Bacillus cereus ATCC 10987 og Bacillus cereus ATCC 14579&rft.inst=University of Oslo&rft.date=2009&rft.degree=Masteroppgaveen_US
dc.identifier.urnURN:NBN:no-24702en_US
dc.type.documentMasteroppgaveen_US
dc.identifier.duo91879en_US
dc.contributor.supervisorØkstad, Ole Andreas L.en_US
dc.identifier.bibsys092764606en_US
dc.identifier.fulltextFulltext https://www.duo.uio.no/bitstream/handle/10852/12293/1/Bakka_Eirik_Roedseth_master.pdf


Files in this item

Appears in the following Collection

Hide metadata