• English
    • Norsk
  • English 
    • English
    • Norsk
  • Administration
View Item 
  •   Home
  • Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet
  • Institutt for informatikk
  • Institutt for informatikk
  • View Item
  •   Home
  • Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet
  • Institutt for informatikk
  • Institutt for informatikk
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Visual Comparer og VC-Combiner: : Et verktøy som sammenligner genmodeller og presenterer resultatet både grafisk og statistisk, og en kombineringsalgoritme som kombinerer genmodeller.

Børresen, Harald
Master thesis
View/Open
No file.
Year
2005
Permanent link
http://urn.nb.no/URN:NBN:no-12143

Metadata
Show metadata
Appears in the following Collection
  • Institutt for informatikk [3603]
Abstract
Automatisk identifisering av komplette genmodeller i eukaryotiske organismer er fortsatt en utfordrende oppgave (Zhang, 2002). Selv om det er konstante forbedringer i søkenøyaktigheten til gensøkingsprogrammer klarer de fortsatt ikke å gi automatisk annotering av DNA-sekvenser med ønskelig nøyaktighet. Det er derfor behov for at bedre søkemetoder blir utviklet. Det å kombinere spådommene fra flere gensøkingsprogrammer i en kombineringsalgoritme er et interessant forslag for å forbedre søkenøyaktigheten.

I denne oppgaven blir det presentert et grafisk sammenligningsverktøy, Visual Comparer, med en innebygd kombineringsalgoritme, VC-Combiner. Visual Comparer har funksjonalitet som gjør det mulig å teste gensøkingsprogrammer og kombinerings-algoritmer på datasett, slik at deres spådommer og søkenøyaktighet kan sammenlignes. VC-Combiner kombinerer genmodeller fra resultatutskriftene til ab initio gensøkingsprogrammene FGenesH (Salamov & Solovyev, 2000), Genscan (Burge & Karlin, 1997) og HMMgene (Krogh, 1997). Den bruker exonpoengsummene som følger med spådommene til å avgjøre hvordan den endelige genmodellen skal se ut. Algoritmen er ikke begrenset til disse tre programmene, og den kan kombinere et varierende antall ab initio gensøkingsprogrammer. Det har også blitt konstruert et datasett, Dog36, som inneholder 36 gensekvenser fra hundegenomet som er tilfeldig plassert på ni kunstig genererte bakgrunnssekvenser av intergenetisk DNA. Tre utgaver av dette datasettet brukes til å teste kombineringsalgoritmens søkenøyaktighet. I Visual Comparer ble søkenøyaktigheten til gensøkingsprogrammene og kombineringsalgoritmen regnet ut automatisk.

Resultatene av testene viser at kombineringsalgoritmen har forbedret både følsomheten (Sn) og spesifikiteten (Sp) på nukleotid-, exon- og gennivå i forhold til gensøkings-programmene. VC-Combiner er også sammenlignet med kombineringsalgoritmene i programmet GeneComber (Shah et al., 2003). Det viser seg at VC-Combiner oppnår høyere tilnærmet korrelasjon (AC) og EAvg enn GeneCombers kombineringsalgoritmer.

Visual Comparer har i tillegg blitt benyttet som et hjelpemiddel i en grundig analyse av gensøkingsprogrammenes spådommer. Der ble programmenes styrker og svakheter kartlagd. Denne kunnskapen kan brukes til å forbedre søkenøyaktigheten i en fremtidig utgave av VC-Combiner.

Visual Comparer og VC-Combiner kan testes på adressen (http://heim.ifi.uio.no/~haralbo/). Her ligger også de tre utgavene av datasettet Dog36 som har blitt brukt som testsett i oppgaven.
 
Responsible for this website 
University of Oslo Library


Contact Us 
duo-hjelp@ub.uio.no


Privacy policy
 

 

For students / employeesSubmit master thesisAccess to restricted material

Browse

All of DUOCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitles

For library staff

Login
RSS Feeds
 
Responsible for this website 
University of Oslo Library


Contact Us 
duo-hjelp@ub.uio.no


Privacy policy