• English
    • Norsk
  • English 
    • English
    • Norsk
  • Administration
View Item 
  •   Home
  • Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet
  • Institutt for informatikk
  • Institutt for informatikk
  • View Item
  •   Home
  • Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet
  • Institutt for informatikk
  • Institutt for informatikk
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

An Extensible Framework for Comparative Analysis of Annotations

Lund, Eivind Gard
Master thesis
View/Open
Lund.pdf (908.6Kb)
Year
2011
Permanent link
http://urn.nb.no/URN:NBN:no-29247

Metadata
Show metadata
Appears in the following Collection
  • Institutt for informatikk [3651]
Abstract
Nylig progresjon innen sekvenseringsteknologier muliggjør

framskaffelse av høy-oppløselig genomisk data. Komparativ analyse av

nevnte data er en kilde til videre innsikt i genetiske mekanismer, men

feltet er lite utforsket. Prototype-programmer krever fleksible og

skalerbare løsninger siden spesifikasjoner og målsetninger er ventet å

forandre seg over tid. Vektorprogrammering har gode abstraksjoner for

operasjoner på store datasett og den resulterende kjøretiden er ofte

utmerket. Ingen publiserte forsøk vi kjenner til prøver å evaluere

anvendbarheten til vektorprogrammering for å løse problemer som ikke

er strengt numeriske av natur.

Vi presenterer to metoder for komparativ analyse som vi har kalt

projisering og kvantitative sammenligninger. Vi har videre utviklet en

rekke vektorprogrammingsalgoritmer for operasjoner på

annotasjoner. Alle algoritmer er implementert som en del av et

rammeverk for komparativ analyse av annotasjoner.

Begge metoder for komparativ analyse av annotasjoner har lovende

egenskaper, men videre arbeid med verifisering og tolkning av

resultater i en biologisk sammenheng kreves. Det har blitt vist at

vektorprogrammering kan brukes til å løse et stort spekter av

problemer, men en alvorlig innskrenkning er at modellen av

problemområdet må passe perfekt med det begrensede utvalget av mulige

operasjoner i vektorprogrammering.
 
Recent progressions in highly specific sequencing technologies

generates high-resolution genomic data. Comparative

analysis of these data is a

source of further insight into genomic mechanisms, but the domain

remains largely unexplored.

Prototypical programs require flexible and scalable solutions as

the requirements are expected to change.

Array programming has good abstractions for operations on large

data sets and the resulting performance is often excellent. No

published efforts have, as far as we know, previously been made

to assess the suitability of array programming to non-numerical

problems.

We present two methods for comparative annotation analysis

called projection and quantitative

comparison.

We have furthermore developed a range of array

programming algorithms for numerous annotation track operations. All

algorithms are implemented as part of a framework for comparative

annotation analysis.

Both methods for comparative analysis have promising

properties, but further work on verification and analysis of the

biological interpretation is needed.

Array programming have been proved applicable to a wide

range of problems. A serious limitation with array programming is

that the model of a problem domain must fit perfectly with the

restricted set of available operations.
 
Responsible for this website 
University of Oslo Library


Contact Us 
duo-hjelp@ub.uio.no


Privacy policy
 

 

For students / employeesSubmit master thesisAccess to restricted material

Browse

All of DUOCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitles

For library staff

Login
RSS Feeds
 
Responsible for this website 
University of Oslo Library


Contact Us 
duo-hjelp@ub.uio.no


Privacy policy